Pembentukan Tim Penjaminan Mutu (TPM) Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Purwokerto  dilatarbelakangi paradigma baru manajemen pendidikan tinggi yang menekankan pentingnya otonomi institusi yang berlandaskan pada akuntabilitas, evaluasi, dan akreditasi yang bertujuan meningkatkan kualitas pendidikan secara berkelanjutan. Penjaminan mutu Fakultas Farmasi UMP dikoordinasikan secara operasional oleh fakultas, sedangkan peran universitas adalah sebagai motor penggerak melalui lembaga LPMPAI UMP untuk mengembangkan sistem dan menggunakan strategi facilitating, empowering, dan enabling. Peran universitas tersebut dilakukan dalam bentuk bantuan teknis, finansial, konsultasi, pegembangan konsep-konsep baru yang lebih aplikabel dan akseptabel, monitoring dan saran tindak perbaikan. Tugas TPM Fakultas Farmasi adalah untuk merencanakan dan melaksanakan sistem penjaminan mutu secara keseluruhan di Fakultas Farmasi, membuat perangkat yang diperlukan dalam rangka pelaksanaan sistem penjaminan mutu, memonitor pelaksanaan sistem penjaminan mutu, melakukan audit dan evaluasi pelaksanaan sistem penjaminan mutu, dan melaporkan secara berkala pelaksanaan sistem penjaminan mutu di Fakultas Farmasi UMP.