Mahasiswa sebagai generasi penerus, agent of change dan sumber daya manusia yang sangat diharapkan kiprah serta keberadaannya di tengah kehidupan masyarakat. Fakultas Farmasi UMP menyadari bahwa mahasiswa memerlukan keilmuan selain yang didapatkan di bangku perkuliahan sebagai ajang pengembangan diri untuk menyalurkan minat dan bakat serta bersosialisasi dan berinteraksi. Badan Eksekutif Mahasiswa mewakili mahasiswa, mengkoordinasikan kegiatan organisasi kemahasiswaan dalam bidang ekstra kurikuler dia tingkat fakultas dan memberikan pendapat, usul dan saran kepada pimpinan fakultas terutama yang berkaitan dengan peran, fungsi dan pencapaian tujuan pendidikan nasional. Kepengurusan BEM Fakultas Farmasi terdiri dari Gubernur, Wakil Gubernur, Sekretaris, Bendahara, dan 9 Kepala Departemen,sehingga jumlah keseluruhan anggota pengurus BEM Fakultas Farmasi UMP berjumlah 49 Mahasiswa.
Dewan Mahasiswa Fakultas atau disingkat dengan DEMA Farmasi merupakan Badan Legislatif yang ada di tingkatan Fakultas. Dewan Mahasiswa Fakultas Farmasi merupakan lembaga yang terdiri dari mahasiswa dan mahasiswi yang memiliki semangat menggali keorganisasian. DEMA Farmasi mengedepankan azaz demokrasi perwakilan. Dalam konteks demokrasi tingkat Fakultas, maka DEMA Farmasi berkedudukan sebagai lembaga tertinggi mahasiswa fakultas. Beranggotakan 12 Mahasiswa yang terbagi dalam berbagai kedudukan yaitu :
ISMAFARSI (Ikatan Senat Mahasiswa Farmasi Seluruh Indonesia) adalah organisasi mahasiswa nasional yang terdiri dari lembaga eksekutif mahasiswa farmasi di seluruh Indonesia dan merupakan organisasi intra perguruan tinggi yang berbasis keprofesian dan berorientasi pada keilmuan (SK DIKTI No. 974/D5.2/T/2007 dan SK ), bertujuan untuk menyatukan opini dan ajang silaturahmi mahasiswa farmasi, sekaligus sebagai satu-satunya organisasi kemahasiswaan yang merepresentasikan mahasiswa farmasi di Indonesia (SK IAI No. 038/SKET/PP.IAI/XI/2013). Semenjak pertama kali dibentuk pada tahun 1955, kini ISMAFARSI beranggotakan 58 Lembaga Eksekutif Mahasiswa Farmasi di seluruh nusantara termasuk Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Purwokerto.